一般情况下，湿钯碳往往可以达到还原的要求，干钯碳能不用的就不要用了。在加钯碳前，容器体系应该是惰性气体氛围，不然直接加进去很容易着火。反应结束后，一般是加硅藻土抽滤，抽滤过程中切记不要抽干，要钯碳上面浸没在溶剂中，如果抽干了，很容易着火。此外，接触到钯碳的物品，如草纸不可随意丢弃，这个也存在潜在的自燃风险。

钯碳催化剂是可以反复套用的，而在使用一段时间后也是会失活失效，从而形成钯碳废料。因为钯碳催化剂具有可回收的特点，这主要是因为失效的钯碳催化剂中，还有一定数量的金属钯，所以对废钯碳催化剂的二次再利用，就是对钯碳废料中的钯金进行还原提炼处理。使用高温氯化挥发法，则需要特殊材料的高温炉。还有一个有机溶剂湿法处理，这种方法主要问题是耗费比较高的有机试剂，所以仅是适用在焦油污染严重的情况。

废钯碳催化剂是以活性碳为载体的含钯催化剂，粒度的大小为5～8mm，含钯量为百分之零点五，属于低含量的废料，这种废钯碳回收时处理较繁琐，多用于工业中一些产品的合成，精制，或豆油加氢反应等。在使用后失效的废钯碳中还含有少许Pd含量，更多的是大量的水分与有机物，这种的废钯碳有些还含有浓厚刺鼻的味道。